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用于检测自闭症基因组拷贝数变异的引物组、探针组及试剂盒


技术摘要:
本发明公开了一种用于检测自闭症患者基因组变异的引物组、探针组及试剂盒,通过引物组SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.8和探针SEQ ID NO.9~SEQ ID NO.12可以检测自闭症相关的SHANK3、CHRNA7、GABRB3基因拷贝数的变异。本发明具有灵敏度高,检测时间短,成本低廉的特点。
背景技术:
自闭症又称孤独症(autism)是常见神经系统发育失调导致的广泛性发育障碍,是 复杂的遗传性多基因神经精神紊乱疾病。1943年,美国医生Kanner报道了11例行为异常的 患者,并命名为“早期婴儿孤独症”,认为是儿童精神分裂症的一个亚型。经历了七十多年的 研究,学术界和临床医生对自闭症的定义和认识已经发生了较大变化,对自闭症的认识已 经从最初的看成一种心理疾病转变为看作一种生理疾病。而自闭症囊括的范围也逐渐增 大,2013年美国精神障碍诊断与统计手册(Diagnostic  and  Statistical  Manual  of  Mental  Disorders)第五版(简称DSM-Ⅴ),修订了自闭症的定义,统称为自闭症谱系障碍 (Autism  Spectrum  Disorder,简称ASD)。 自闭症的主要临床行为表现包括人际交流障碍、语言障碍和重复性刻板行为,病 人同时在智力、感觉和情绪等方面也有相应的特征。患儿从出生开始就可以表现出与其他 正常儿童不同的差异。自闭症在儿童的发病率为1%~2%,男性是女性4倍,根据WHO统计,在 中国有150万-780万的孤独症患者。患有自闭症的儿童不仅身心健康受到损伤,且也给家庭 带来沉重的经济和精神压力,因此自闭症在我国已经成为了一个急需关注的公共健康问 题。 影响自闭症发生的基因有许多。在调查分析自闭症患者在基因组水平上的变异 后,发现存在多种类型和多位点的变异,既有染色体区域的缺失重复,也有基因上的SNP。这 些变异既有从父母遗传的也有新发的。对变异的基因进行分析,发现变异主要发生在与突 触、染色质重构、转录、神经递质传递有关的基因上。但单个基因在自闭症群体中出现的概 率不足1%。对神经细胞连接因子基因进行研究,发现SHANK1、SHANK2、SHANK3,NRXN1、NRXN2、 NRXN3,NLGN3、NLGN4等基因都与自闭症发生有关。 传统的自闭症筛查方法主要是根据自闭症诊断标准,对待检者进行人际关系、语 言交流、知觉等方面的表象观察,并依照标准进行确诊。这些方法的不足之处是只能患者进 行初步的自闭症筛查,无法对患者基因变异进行确诊,而且在诊断时容易发生漏诊和误诊 的情况,延误患者治疗,造成重症自闭症儿童的出现。因此,市场上迫切需要一种准确、快 捷、成本低廉的自闭症诊断方法,对患者进行快速确诊。
技术实现要素:
本发明的主要目的在于提出一种准确、快速、灵敏的用于检测自闭症患者多基因 拷贝数变异的引物组、探针组及试剂盒。 本发明的目的是针对现有技术中的不足,提供一种用于检测自闭症患者多基因拷 3 CN 111575366 A 说 明 书 2/5 页 贝数变异的引物组。 本发明的第二目的是,提供一种提供一种用于检测自闭症患者多基因拷贝数变异 的探针组。 本发明的第三目的是,提供一种提供一种用于检测自闭症患者多基因拷贝数变异 的试剂盒。 为实现上述目的,本发明采取的技术方案是:一种用于检测自闭症患者多基因拷 贝数变异的PCR引物组,所述的引物组检测的基因包括NRXN1、SHANK3和CHRNA7基因。 进一步地,所述的引物组还包括检测内参基因RPP30的引物SEQ  ID  NO.7和SEQ  ID  NO.8。 为实现上述第二个目的,本发明采取的技术方案是:所述探针组包括SEQ  ID  NO.9 ~  SEQ  ID  NO.12,每一条探针两端分别带有荧光基团和淬灭基团。 进一步地,每一条所述探针的熔解温度在60~65℃。 进一步地,所述荧光基团选择FAM、HEX、ROX、CY5,所述淬灭基团为非荧光淬灭基 团,且带有MGB修饰结构。 为实现上述第三个目的,本发明采取的技术方案是:用于检测自闭症多个基因拷 贝数差异的试剂盒,包括权利要求1-5任意所述的引物组和探针组。 本发明的有益效果包括: 1.采用本发明的技术方案,可以检测并鉴别自闭症患者多基因位点的拷贝数变异。而 且该方法操作简便、检测准确、灵敏、快速,2小时内可出结果。 2.本发明利用荧光PCR-探针技术,采用稳定扩增的内参基因作为对照,可以准确 的计算出检测的目标基因的拷贝数,对基因拷贝数的分辨率高。该技术方案,检测的特异性 高,成本较低。 附图说明 图1.  样品的NRXN1目标基因扩增曲线图 图2.  样品的SHANK3目标基因扩增曲线图 图3.  样品的CHRNA7目标基因扩增曲线图 图4.  样品的RPP30内参基因扩增曲线图
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