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牡丹EST-SSR引物组及其应用


技术摘要:
本发明涉及牡丹EST‑SSR引物组及其应用,属于基因工程技术领域,本发明从牡丹转录组EST‑SSR标记开发与引物筛选角度,筛选得到扩增稳定、多态性高的20对引物,采用所述20对引物,可对牡丹品种进行亲缘关系分析,为后续学者筛选更多的牡丹SSR位点提供了思路,为开展牡丹  全部
背景技术:
牡丹(Paeonia  suffruticosa  Andr.)隶属于芍药科、芍药属,为多年生落叶灌木。 因品种繁多,花冠硕大,花姿优美,色泽鲜艳,色味芳香,富丽堂皇,雍容华贵,具有很大的欣 赏价值,深受各族人民的喜爱。 SSR(Simple  Sequence  Repeats)标记又称微卫星DNA,由几个核苷酸(一般为1~6 个)的重复单位组成,总的串联重复序列可长达几十个核苷酸。SSR标记具有高度重复性与 可靠性、丰富的多态性、共显性等优点。在微卫星位点克隆和测序分析方面,传统的SSR分子 标记费时、费力和代价昂贵,一般很难实现的,因此限制了它的广泛应用。从目前来看,伴随 测序技术的发展,公共数据库中来源于不同物种的基因表达序列(expressed  sequence  tag,EST)的数目在快速增长。这些EST序列不仅在新基因发掘方面占有一席之地,而且为 SSR标记开发提供了一个巨大的、有价值的来源,这种基于EST序列开发的SSR称为EST-SSR 标记。 高通量测序技术的发展,为分子标记技术的迅速发展提供了有利条件,目前EST- SSR标记已被应用于性状定位,植物分类,品种鉴定,系统进化,遗传多样性分析,比较基因 组学方面,使得转录组EST-SSR标记开发在腊梅,杉木,棉花,文冠果,双须骨舌鱼,红松等植 物种属中均有开发应用。牡丹作为一种备受瞩目的植物,对其的研究也受到了各界学者的 青睐,寻找适用于牡丹品种相关遗传学研究的引物,是进一步开展牡丹种质资源管理、遗传 保护等研究的前提基础。
技术实现要素:
针对上述问题,本发明的目的一在于提供牡丹EST-SSR引物组,目的二在于提供所 述引物组在牡丹品种遗传分析中的应用。本发明所提供的筛选引物扩增稳定,多态性高。 为了实现上述目的,本发明采用的具体方案为: 牡丹EST-SSR引物组,所述引物组包括20对引物,分别为如SEQ  ID  NO:1~2的 PS002、如SEQ  ID  NO:3~4的PS019、如SEQ  ID  NO:5~6的PS021、如SEQ  ID  NO:7~8的 PS030、如SEQ  ID  NO:9~10的PS031、如SEQ  ID  NO:11~12的PS034、如SEQ  ID  NO:13~14的 PS038、如SEQ  ID  NO:15~16的PS042、如SEQ  ID  NO:17~18的PS046、如SEQ  ID  NO:19~20 的PS057、如SEQ  ID  NO:21~22的PS061、如SEQ  ID  NO:23~24的PS062、如SEQ  ID  NO:25~ 26的PS070、如SEQ  ID  NO:27~28的PS071、如SEQ  ID  NO:29~30的PS074、如SEQ  ID  NO:31 ~32的PS075、如SEQ  ID  NO:33~34的PS085、如SEQ  ID  NO:35~36的PS086、如SEQ  ID  NO: 37~38的PS092和如SEQ  ID  NO:39~40的PS096。 本发明还请求保护所述引物组在牡丹品种亲缘关系分析中的应用。 进一步地,所述应用是指利用所述引物组进行牡丹品种的亲缘关系分析,所述分 3 CN 111733279 A 说 明 书 2/12 页 析方法包括以下步骤: (1)、提取待分析牡丹样本的基因组DNA; (2)分别采用所述20对引物对步骤(1)提取的基因组DNA进行扩增并进行凝胶电泳 分析; (3)通过牡丹样本的聚类树状图进行亲缘关系分析。 更进一步地,所述牡丹的品种包括:满江红、李园红、花王、乌龙捧盛、晨红、冠世墨 玉、奇花献影、世世之誉、满堂红、春红娇艳、夜光杯、烟绒紫、徽紫、川后同丹、魏紫、雪峰、墨 池手辉、杏花春雨、三变赛玉和宝康紫玟玉。 有益效果: 本发明从牡丹转录组EST-SSR标记开发与引物筛选角度,筛选得到扩增稳定、多态 性高的20对引物,采用所述20对引物,可对牡丹品种进行亲缘关系分析,为后续学者筛选更 多的牡丹SSR位点提供了思路,为开展牡丹种质资源管理,遗传保护及选育、分析牡丹的遗 传多样性等奠定基础。 附图说明 图1是不同串联重复单元类型的SSR在总SSR中所占比例的统计图; 图2~21是分别采用引物PS002、PS019、PS021、PS030、PS031、PS034、PS038、PS042、 PS046、PS057、PS061、PS062、PS070、PS071、PS074、PS075、PS085、PS086、PS092和PS096扩增 20种牡丹DNA的SSR凝胶电泳图; 图22是20种牡丹样本的聚类树状图; 图2~22中1~20号牡丹样本分别为:1:满江红;2:李园红;3:花王;4:乌龙捧盛;5: 晨红;6:冠世墨玉;7:奇花献影;8:世世之誉;9:满堂红;10:春红娇艳;11:夜光杯;12:烟绒 紫;13:徽紫;14:川后同丹;15:魏紫;16:雪峰;17:墨池手辉;18:杏花春雨;19:三变赛玉; 20:宝康紫玟玉。
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