技术摘要：
本发明涉及一种RNA水平融合基因突变导致肿瘤的负荷分析系统和方法，属于基因检测技术领域。该肿瘤负荷分析系统，包括：数据获取模块：用于获取样本基因检测得到的下机数据；生信分析模块：用于分别计算目标融合基因拷贝数和内参基因拷贝数；负荷分析模块：用于将上述目  全部
背景技术：
伴随诊断和靶向治疗是实现肿瘤精准医疗的重要组成部分，通过对分子标志物的 精确检测，可以为临床提供更多有价值的医学信息，帮助实现个体化医疗。 随着对诊断信息的要求日趋复杂与全面，可同时检测多种标志物的一体化的检测 平台(All  in  One)成为现今肿瘤精确诊断的发展主流方向。而二代测序技术(NGS)在这方 面的独特优势为实现精准医疗提供了可能。 基于NGS平台的DNA和RNA分析是新兴的液态活检技术，可实现对肿瘤全基因图谱 的非侵袭性检测，并具有样本可及性高、可持续监测等特点，在肿瘤治疗和管理全程中的每 个阶段都有潜在的应用价值。通过对基因组的分析可早期解析致癌的关键突变、指导治疗 选择并监测耐药突变，同时通过连续液体活检对分子的定量分析，可提供疗效监测、肿瘤负 荷和预后评估等。 常规技术中，在临床疗效监测时，我们需要根据分子标记物的比例判断患者体内 肿瘤细胞数量的变化。由于人细胞的染色体均为2倍体(罕见的多倍体除外)，DNA水平的突 变比例计算较为简单，即 该mutant  rate值即可以代表肿瘤负荷，即肿瘤细胞所占的比例。 但是，RNA水平的融合基因突变比例计算则较为复杂，通常的做法是，使用某个表 达较为稳定的管家基因作为内参去计算融合基因A的相对表达量，即以下公式 从而将治疗前后不同批次检测中基因A的表达值可以横行比较。 但是还存在一个突出的问题，即融合基因A的相对表达量并不能直接反映肿瘤负 荷的水平。
技术实现要素：
基于此，有必要针对上述问题，提供一种RNA水平融合基因突变导致肿瘤的负荷分 析系统，采用该分析系统，可量化肿瘤基因的基因表达量，提示某样本中携带该肿瘤基因变 异的肿瘤细胞含量，而不仅仅是提示肿瘤细胞的有无，能够更好的实现肿瘤精准医疗。 一种RNA水平融合基因突变导致肿瘤的负荷分析系统，包括： 数据获取模块：用于获取样本基因检测得到的下机数据； 生信分析模块：用于分别计算目标融合基因拷贝数和内参基因拷贝数； 4 CN 111583992 A 说　明　书 2/6 页 负荷分析模块：用于将上述目标融合基因拷贝数A和内参基因拷贝数B，代入下述 肿瘤负荷方程，计算得到该样本的肿瘤负荷Z； Z＝k×B/A a 其中：k，a为线性回归拟合得到的常数； 所述肿瘤负荷方程通过以下方法得到： 取若干目标融合基因突变阳性样本作为建模样本，同时获取若干所述建模样本的 病理评估肿瘤负荷Z，以及若干所述样本的目标融合基因拷贝数A和内参基因拷贝数B，以A 和B为自变量，Z为因变量，以最小二乘法进行线性回归分析，得到线性回归方程，即为上述 肿瘤负荷方程。 上述肿瘤负荷分析系统，建立了肿瘤负荷Z与融合基因相对表达量R的相关性与线 性回归方程，通过测量特异性表达A基因与内参基因B的相对表达值，即可评估该样本的肿 瘤负荷。该分析系统可以量化肿瘤基因的基因表达量，提示某样本中携带该肿瘤基因变异 的肿瘤细胞含量，而不仅仅是提示肿瘤细胞的有无(即阴性或阳性)。 在其中一个实施例中，所述内参基因满足以下入选标准： 1)所述内参基因不是假基因； 2)所述内参基因为中度表达； 3)所述内参基因在各组织间表达稳定，各组织间表达值的标准差[log2(RPKM)]< 1； 4)所述内参基因表达水平与细胞周期以及细胞活化状态无关。 上述中度表达指：将编码蛋白基因的FPKM几何均数按升序排列，处于33％和67％ 位置之间的基因，定义为中度表达。具体可根据Human  BodyMap(HBM)2.0转录组测序数据集 (由Thibaut等研究者测序正常人16种器官组织的转录组)获得。 在其中一个实施例中，所述内参基因不具备以下排除条件： 1)所述内参基因在正常和异常的细胞和组织中的表达存在差异； 2)所述内参基因呈现细胞周期依赖的表达； 3)所述内参基因定位于x染色体。 在其中一个实施例中，所述肿瘤为滑膜肉瘤，所述目标融合基因为SS18-SSX1融合 基因，所述内参基因选自：IPO8、JUN、LRP1、MYC、YWHAZ。 在其中一个实施例中，所述内参基因选自YWHAZ。 在其中一个实施例中，所述建模样本的数量≥6。 在其中一个实施例中，所述肿瘤负荷方程的回归平方和与总离差平方和的比值≥ 0.95。 在其中一个实施例中，所述建模样本的病理评估肿瘤负荷Z通过以下方法得到：取 建模样本，由病理医生根据常规HE染色法评估肿瘤含量得到。 在其中一个实施例中，将所述肿瘤负荷分析系统用于液体活检与血液肿瘤中。 本发明还公开了一种用于非诊断治疗目的的RNA水平融合基因突变导致的肿瘤负 荷分析方法，包括以下步骤： 数据获取：获取样本基因检测得到的下机数据； 生信分析：分别计算目标融合基因拷贝数和内参基因拷贝数； 5 CN 111583992 A 说　明　书 3/6 页 负荷分析：将上述目标融合基因拷贝数A和内参基因拷贝数B，代入下述肿瘤负荷 方程，计算得到该样本的肿瘤负荷Z； Z＝k×B/A a 其中：k，a为线性回归拟合得到的常数； 所述肿瘤负荷方程通过以下方法得到： 取若干目标融合基因突变阳性样本作为建模样本，同时获取若干所述建模样本的 病理评估肿瘤负荷Z，以及若干所述样本的目标融合基因拷贝数A和内参基因拷贝数B，以A 和B为自变量，Z为因变量，以最小二乘法进行线性回归分析，得到线性回归方程，即为上述 肿瘤负荷方程。 与现有技术相比，本发明具有以下有益效果： 本发明的一种RNA水平融合基因突变导致肿瘤的负荷分析系统，建立了肿瘤负荷Z 与融合基因相对表达量R(也即内参基因拷贝数B与目标融合基因拷贝数A的比值)的相关性 与线性回归方程，通过测量特异性表达A基因与内参基因B的相对表达值，即可评估该样本 的肿瘤负荷。该方法可以量化肿瘤基因的基因表达量，提示某样本中携带该肿瘤基因变异 的肿瘤细胞含量，而不仅仅是提示肿瘤细胞的有无(即阴性或阳性)。 并且，该肿瘤负荷分析系统，可通过连续液体活检对分子的定量分析，从而提供疗 效监测、肿瘤负荷和预后评估等，实现肿瘤精准医疗。 附图说明 图1为实施例1中内参基因YWHAZ拷贝数与融合基因SS18-SSX1拷贝之比值B/A和肿 瘤细胞含量Z的线性回归拟合方程。