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一种预测HLA相合机率及错配类型的方法


技术摘要:
本发明公开了一种预测HLA相合机率及错配类型的方法,包括以下步骤:(1)构建HLA数据库;(2)录入并提交待比对基因型;(3)将步骤(2)录入的等位基因的格式转换成与HLA数据库中的格式相匹配;(4)将步骤(3)经格式转换后的基因型进行排列组合,得出单倍型组合;(  全部
背景技术:
人类白细胞抗原(human  leucocyte  antigen,HLA)不仅与同种异基因移植密切相 关,并且在人类进化的遗传规律、免疫性疾病的发生和发展、肿瘤逃逸和疫苗制备中均发挥 着重要作用。在临床上发生肿瘤和器官衰竭的患者最后只有通过异基因移植挽救生命,而 HLA作为最常见的移植抗原,患者和供者HLA相合或错配程度直接影响移植预后及患者的长 期生存。 目前可作为异基因移植潜在供者的来源有亲缘供者和非血缘供者,故临床在拟进 行移植前,将患者HLA基因分型结果同时在亲缘供者进行筛选,及在中华骨髓库中进行无关 供者的检索匹配。当患者没有亲缘供者可选择移植的情况下,在选定的初步匹配无关供者 中选择最佳匹配供者至关重要。目前中华骨髓库检索流程如下:1)无关供者初筛后有两种 结果:HLA-A,B,DRB1,C,DQB1五个位点10个等位基因高分结果;HLA-A,B,DRB1三个位点6个 等位基因高分或低分结果。2)确认分型是对上述不同匹配程度的初筛供者和患者的样本和 结果再次确认。 由于不同患者检索到初步匹配供者的机会不同;A,B,DRB1位点6/6高分或低分、9/ 10相合初步匹配供者,在确认分型阶段出现HLA各种位点相合或错配的概率不同,故目前的 检索方法存在盲目性大,患者检测费用高等不足。 中国人群HLA等位基因及单倍型频率与国际其他种族存在明显差异性,国外虽有 文献提及利用HLA基因分型预测供者相合机率,然而并没有形成完整的检索体系并在临床 病例中得到应用。
技术实现要素:
为了解决以上现有技术存在的问题,本发明的目的在于提供一种预测HLA相合机 率及错配类型的方法。 为了实现上述目的,本发明提供以下技术方案: 一种预测HLA相合机率及错配类型的方法,包括以下步骤: (1)构建HLA数据库; (2)录入并提交待比对基因型,录入的基因型为HLA-A ,B,C ,DRB1 ,DQB1位点基因 型; (3)将步骤(2)录入的等位基因的格式转换成与HLA数据库中的格式相匹配: (4)将步骤(3)经格式转换后的基因型进行排列组合,得出单倍型组合; (5)将步骤(4)得出的单倍型组合与步骤(1)构建的HLA数据库进行比对; (6)通过比对得到预测结果。 进一步的,所述HLA数据库包括HLA等位基因CWD数据库、HLA单倍型频率数据库和 3 CN 111613269 A 说 明 书 2/12 页 HLA负连锁数据库;其中所述HLA单倍型频率数据库包括10/10相合预测数据库、9/10相合预 测数据库和C,DQB1预测数据库。 进一步的,所述HLA等位基因CWD数据库包含基因型、C/WD/R、频数;其中C为常见基 因、WD为确认基因、R为罕见基因(参考文献:Common  and  well-documented  HLA  alleles: report  of  the  Ad-Hoc  committee  of  the  american  society  for  histocompatiblity  and  immunogenetics.Human  immunology.2007); 所述10/10相合预测数据库包含A-B-C-DRB1-DQB1单倍型、A,B,C,DRB1,DQB1基因 型、频数、频率、排序、C/WD/R; 所述9/10相合预测数据库包括A错配数据库、B错配数据库、C错配数据库、DRB1错 配数据库、DQB1错配数据库;每个错配数据库包含错配的单倍型、单倍型对应的错配基因 型、频数; 所述C,DQB1预测数据库包含A-B-DRB1单倍型、单倍型对应的C,DQB1基因型、频数。 进一步的,所述步骤(4)中单倍型组合的个数为2n-1组,其中n为基因位点的个数。 进一步的,所述步骤(5)的比对方式包括10/10相合检索、9/10相合检索、A,B,DRB1 位点6/6相合检索、等位基因CWD判读和负连锁检索。 一种预测HLA相合机率及错配类型的系统,该系统执行以上所述的预测HLA相合机 率及错配类型的方法,该系统包括HLA数据库、基因型录入模块、格式转换模块、基因型组合 模块和比对模块; 所述HLA数据库用于存储参考数据; 所述基因型录入模块,用于录入待比对基因型并对基因型的格式进行校验; 所述格式转换模块,用于对录入的等位基因进行处理和转换,统一成与HLA数据库 匹配的格式: 所述基因型组合模块,用于将格式转换后的基因型进行排列组合,得出单倍型组 合; 所述比对模块,用于将单倍型组合与步骤(1)构建的HLA数据库进行比对,得到HLA 相合机率及错配类型。 一种预测HLA相合机率及错配类型的存储介质,所述存储介质执行以上所述的预 测HLA相合机率及错配类型的方法。 一种预测HLA相合机率及错配类型的处理器,所述处理器用于运行程序,所述程序 运行时执行以上所述的预测HLA相合机率及错配类型的方法。 一种预测HLA相合机率及错配类型的装置,所述装置用于实施以上所述的预测HLA 相合机率及错配类型的方法。 有益效果:本发明提供了一种预测HLA相合机率及错配类型的方法,本发明所述方 法可在疾病早期预测检索到HLA-10/10相合或8-9/10相合供者的概率,A,B,DRB1位点6/6高 分或低分相合供者C,DQB1可能结果,有助于临床选择10/10相合机率更大的初筛供者进行 确认分型,并在8-9/10错配供者中选择可允许错配最优无关供者,节省患者检测费用,对减 少移植并发症及提高移植生存均有着重要影响。 本发明所述方法可在不同平台、采用不同程序语言进行代码开发,容易实现和开 发推广;紧密贴合临床移植工作中的实际需求,实用性强,并可以引申到肿瘤免疫、免疫性 4 CN 111613269 A 说 明 书 3/12 页 疾病领域;使用者仅需将基因型结果录入指定位置便可一键完成所有结果的预测,操作简 单,具有广泛的开发应用前景。 附图说明 图1为本发明所述方法的技术路线流程图。
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