技术摘要：
本文公开了包含一种或多种核酸序列的核酸分子，所述核酸序列编码经修饰的共同MUC16抗原。公开了包含一种或多种核酸序列的载体、组合物和疫苗，所述核酸序列编码经修饰的共同MUC16抗原。公开了治疗患有表达MUC16的肿瘤的受试者的方法和预防表达MUC16的肿瘤的方法。公开  全部
背景技术：
癌症在美国和全世界仍然是死亡的主要原因。癌症疫苗市场正在快速增长。有效 的肿瘤疫苗可以适用于预防肿瘤生长和/或可以适用作晚期癌症患者的更有效、毒性更小 的标准疗法替代方案。与癌症有关的抗原是MUC16，且因此，抗肿瘤疫苗的靶标是MUC16。 MUC16是高分子量糖蛋白的粘蛋 白家族成员。粘蛋白由呼吸道、胃肠道和生殖道各种器官的内腔表面周围的特殊 化上皮细胞表达。MUC16在上皮完整性的维持和上皮表面的润滑和保护方面具有直接和间 接的作用。 MUC16的串联重复域含有重复的肽抗原决定基CA125，其已经变成在卵巢癌的整个 诊断和治疗期间出现的多种临床情形的金标准生物标志物，所述临床情形包括：1)根据早 期检测进行筛选；2)对出现盆腔肿块的绝经前和绝经后女性的良性和恶性疾病进行区分； 以及3)监测对治疗的响应。另外，功能研究已经表明MUC16造成卵巢瘤的转化和转移。 MUC16由于在大部分卵巢癌中高度表达以及其增强肿瘤发生的推定作用，因此是 一种诱人的癌症治疗疫苗靶标。然而，抗原设计受到以下影响：其大尺寸、复杂糖基化谱和 健康上皮组织中的表达。 用于治疗和预防癌症的疫苗受到很大关注。靶向肿瘤细胞抗原的现有疫苗通常受 到体内抗原表达不良的限制。因此，所属领域中仍需要研发出适用于表达MUC16的肿瘤的安 全有效疫苗，借此治疗罹患此类癌症的受试者以及促进其存活。
技术实现要素：
本文提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编 码SEQ  ID  NO:2的氨基酸19-1490的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在包含 8 CN 111741772 A 说　明　书 2/65 页 SEQ  ID  NO:2的氨基酸19-1490的蛋白质的全长中占至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:2的氨 基酸19-1490至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的核酸序列，所述片段 在与SEQ  ID  NO:2的氨基酸19-1490至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。 本文还提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：SEQ  ID  NO:1的核苷酸55-4470；(b)在包含SEQ  ID  NO:1的核苷酸55-4470的核酸分子的全长中 占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:1的核苷酸55-4470至少95％一致的片段；以及(d)在 与SEQ  ID  NO:1的核苷酸55-4470至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片段。 本文提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编 码SEQ  ID  NO:2的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在SEQ  ID  NO:2的全长中占 至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:2至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的 核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:2至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。 本文还提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a) SEQ  ID  NO:1；(b)在SEQ  ID  NO:1的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:1至少95％ 一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:1至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片 段。在一些实施例中，核酸分子包含SEQ  ID  NO:1中所示的核酸序列。 本文提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编 码SEQ  ID  NO:4的氨基酸19-642的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在包含SEQ  ID  NO:4的氨基酸19-642的蛋白质的全长中占至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:4的氨基酸 19-642至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的核酸序列，所述片段在与 SEQ  ID  NO:4的氨基酸19-642至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。 本文还提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：SEQ  ID  NO:3的核苷酸55-1926；(b)在包含SEQ  ID  NO:3的核苷酸55-1926的核酸分子的全长中 占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:3的核苷酸55-1926至少95％一致的片段；以及(d)在 与SEQ  ID  NO:3的核苷酸55-1926至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片段。 本文提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编 码SEQ  ID  NO:4的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在SEQ  ID  NO:4的全长中占 至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:4至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的 核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:4至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。 本文还提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a) SEQ  ID  NO:3；(b)在SEQ  ID  NO:3的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:3至少95％ 一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:3至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片 段。在一些实施例中，核酸分子包含SEQ  ID  NO:3中所示的核酸序列。 本文提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编 码SEQ  ID  NO:6的氨基酸19-710的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在包含SEQ  ID  NO:6的氨基酸19-710的蛋白质的全长中占至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:6的氨基酸 19-710至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的核酸序列，所述片段在与 SEQ  ID  NO:6的氨基酸19-710至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。 本文还提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：SEQ  ID  NO:5的核苷酸55-2130；(b)在包含SEQ  ID  NO:5的核苷酸55-2130的核酸分子的全长中 9 CN 111741772 A 说　明　书 3/65 页 占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:5的核苷酸55-2130至少95％一致的片段；以及(d)在 与SEQ  ID  NO:5的核苷酸55-2130至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片段。 本文提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编 码SEQ  ID  NO:6的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在SEQ  ID  NO:6的全长中占 至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:6至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的 核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:6至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。 本文还提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a) SEQ  ID  NO:5；(b)在SEQ  ID  NO:5的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:5至少95％ 一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:5至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片 段。在一些实施例中，核酸分子包含SEQ  ID  NO:5中所示的核酸序列。 本文提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编 码SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-642和650-1341的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片 段在包含SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-642和650-1341的蛋白质的全长中占至少90％；(c)编码 与SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-642和650-1341至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编 码片段的核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-642和650-1341至少95％一致 的蛋白质的全长中占至少90％。 本文还提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-1926和1948-4023；(b)在包含SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-1926和1948- 4023的核酸分子的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-1926和1948- 4023至少95％一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-1926和1948-4023至少 95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片段。 本文提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编 码SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-1341的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在包含 SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-1341的蛋白质的全长中占至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:8的氨 基酸19-1341至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的核酸序列，所述片段 在与SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-1341至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。 本文还提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-4023；(b)在包含SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-4023的核酸分子的全长中 占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-4023至少95％一致的片段；以及(d)在 与SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-4023至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片段。 本文提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编 码SEQ  ID  NO:8的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在SEQ  ID  NO:8的全长中占 至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:8至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的 核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:8至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。 本文还提供了包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a) SEQ  ID  NO:7；(b)在SEQ  ID  NO:7的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:7至少95％ 一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:7至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片 段。在一些实施例中，核酸分子包含SEQ  ID  NO:7中所示的核酸序列。 可以将本文所述的一种或多种核酸分子并入载体中，例如质粒或病毒载体。可以 10 CN 111741772 A 说　明　书 4/65 页 将本文所述的一种或多种核酸分子并入载体中，例如质粒或病毒载体。在一些实施例中，所 述载体包含含有一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编码SEQ  ID  NO:2的氨基酸19-1490的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在包含SEQ  ID  NO:2 的氨基酸19-1490的蛋白质的全长中占至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:2的氨基酸19-1490 至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:2的氨基酸19-1490至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。在某些实施例中，所述 载体包含含有一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：SEQ  ID  NO:1的核 苷酸55-4470；(b)在包含SEQ  ID  NO:1的核苷酸55-4470的核酸分子的全长中占至少90％的 片段；(c)与SEQ  ID  NO:1的核苷酸55-4470至少95％一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:1 的核苷酸55-4470至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片段。在其它实施例中， 所述载体包含含有一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编码SEQ  ID  NO:2的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在SEQ  ID  NO:2的全长中占至少 90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:2至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的核酸 序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:2至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。在仍另外的 实施例中，所述载体包含含有一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a) SEQ  ID  NO:1；(b)在SEQ  ID  NO:1的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:1至少95％ 一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:1至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片 段。在一些实施例中，核酸分子包含SEQ  ID  NO:1中所示的核酸序列。 在其它实施例中，所述载体包含一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列：(a) 编码SEQ  ID  NO:4的氨基酸19-642的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在包含 SEQ  ID  NO:4的氨基酸19-642的蛋白质的全长中占至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:4的氨 基酸19-642至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的核酸序列，所述片段在 与SEQ  ID  NO:4的氨基酸19-642至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。在某些实施 例中，所述载体包含含有一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：SEQ  ID  NO:3的核苷酸55-1926；(b)在包含SEQ  ID  NO:3的核苷酸55-1926的核酸分子的全长中占至 少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:3的核苷酸55-1926至少95％一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:3的核苷酸55-1926至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片段。在一些实 施例中，所述载体包含含有一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编 码SEQ  ID  NO:4的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在SEQ  ID  NO:4的全长中占 至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:4至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的 核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:4至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。在其它 实施例中，所述载体包含含有一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a) SEQ  ID  NO:3；(b)在SEQ  ID  NO:3的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:3至少95％ 一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:3至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片 段。在一些实施例中，核酸分子包含SEQ  ID  NO:3中所示的核酸序列。 在一些实施例中，所述载体包含含有一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列 的核酸分子：(a)编码SEQ  ID  NO:6的氨基酸19-710的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列， 所述片段在包含SEQ  ID  NO:6的氨基酸19-710的蛋白质的全长中占至少90％；(c)编码与 SEQ  ID  NO:6的氨基酸19-710至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的核酸 11 CN 111741772 A 说　明　书 5/65 页 序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:6的氨基酸19-710至少95％一致的蛋白质的全长中占至少 90％。在某些实施例中，所述载体包含含有一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的 核酸分子：SEQ  ID  NO:5的核苷酸55-2130；(b)在包含SEQ  ID  NO:5的核苷酸55-2130的核酸 分子的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:5的核苷酸55-2130至少95％一致的片 段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:5的核苷酸55-2130至少95％一致的核酸序列的全长中占至少 90％的片段。在其它实施例中，所述载体包含含有一种或多种选自由以下组成的组的核酸 序列的核酸分子：(a)编码SEQ  ID  NO:6的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在 SEQ  ID  NO:6的全长中占至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:6至少95％一致的蛋白质的核酸 序列；以及(d)编码片段的核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:6至少95％一致的蛋白质的 全长中占至少90％。在仍另外的实施例中，所述载体包含含有一种或多种选自由以下组成 的组的核酸序列的核酸分子：(a)SEQ  ID  NO:5；(b)在SEQ  ID  NO:5的全长中占至少90％的 片段；(c)与SEQ  ID  NO:5至少95％一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:5至少95％一致的 核酸序列的全长中占至少90％的片段。在一些实施例中，核酸分子包含SEQ  ID  NO:5中所示 的核酸序列。 在其它实施例中，所述载体包含含有一种或多种选自由以下组成的组的核酸序列 的核酸分子：(a)编码SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-642和650-1341的核酸序列；(b)编码片段的 核酸序列，所述片段在包含SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-642和650-1341的蛋白质的全长中占 至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-642和650-1341至少95％一致的蛋白质的核 酸序列；以及(d)编码片段的核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-642和650- 1341至少95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。在某些实施例中，所述载体包含含有一 种或多种选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-1926和 1948-4023；(b)在包含SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-1926和1948-4023的核酸分子的全长中占 至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-1926和1948-4023至少95％一致的片段； 以及(d)在与SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-1926和1948-4023至少95％一致的核酸序列的全长 中占至少90％的片段。在其它实施例中，所述载体包含含有一种或多种选自由以下组成的 组的核酸序列的核酸分子：(a)编码SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-1341的核酸序列；(b)编码片 段的核酸序列，所述片段在包含SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-1341的蛋白质的全长中占至少 90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-1341至少95％一致的蛋白质非核酸序列；以及 (d)编码片段的核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-1341至少95％一致的蛋 白质的全长中占至少90％。在某些实施例中，所述载体包含含有一种或多种选自由以下组 成的组的核酸序列的核酸分子：SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-4023；(b)在包含SEQ  ID  NO:7的 核苷酸55-4023的核酸分子的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:7的核苷酸55- 4023至少95％一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:7的核苷酸55-4023至少95％一致的核 酸序列的全长中占至少90％的片段。在一些实施例中，所述载体包含含有一种或多种选自 由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)编码SEQ  ID  NO:8的核酸序列；(b)编码片段的 核酸序列，所述片段在SEQ  ID  NO:8的全长中占至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:8至少95％ 一致的蛋白质的核酸序列；以及(d)编码片段的核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:8至少 95％一致的蛋白质的全长中占至少90％。在一些实施例中，所述载体包含含有一种或多种 选自由以下组成的组的核酸序列的核酸分子：(a)SEQ  ID  NO:7；(b)在SEQ  ID  NO:7的全长 12 CN 111741772 A 说　明　书 6/65 页 中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:7至少95％一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:7 至少95％一致的核酸序列的全长中占至少90％的片段。在一些实施例中，核酸分子包含SEQ  ID  NO:7中所示的核酸序列。 在一些实施例中，本文所述的核酸可操作地连接到调控元件。在一些实施例中，调 控元件是启动子和/或聚腺苷酸化信号。在其它实施例中，启动子是人细胞巨大病毒即刻早 期启动子(hCMV启动子)。在仍另外的实施例中，聚腺苷酸化信号是牛生长激素聚腺苷酸化 信号(bGH  polyA)。 本文还提供了包含一种或多种如本文所述的核酸分子的组合物。在一些实施例 中，所述组合物包含药学上可接受的载体。 另外提供了MUC16抗原蛋白质，其包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：(a)SEQ  ID  NO:2的氨基酸19-1490；(b)在包含SEQ  ID  NO:2的氨基酸19-1490的蛋白质的全长中占 至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:2的氨基酸19-1490至少95％一致的氨基酸序列；以及 (d)在与SEQ  ID  NO:2的氨基酸19-1490至少95％一致的氨基酸序列的全长中占至少90％的 片段。 另外提供MUC16抗原蛋白质，其包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：(a)SEQ  ID  NO:2；(b)在SEQ  ID  NO:2的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:2至少95％一致 的氨基酸序列；以及(c)在与SEQ  ID  NO:2至少95％一致的氨基酸序列的全长中占至少90％ 的片段。在一些实施例中，所述蛋白质包含SEQ  ID  NO:2中所示的氨基酸序列。 另外提供了MUC16抗原蛋白质，其包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：(a)SEQ  ID  NO:4的氨基酸19-642；(b)在包含SEQ  ID  NO:4的氨基酸19-642的蛋白质的全长中占至 少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:4的氨基酸19-642至少95％一致的氨基酸序列；以及(d)在 与SEQ  ID  NO:4的氨基酸19-642至少95％一致的氨基酸序列的全长中占至少90％的片段。 另外提供MUC16抗原蛋白质，其包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：(a)SEQ  ID  NO:4；(b)在SEQ  ID  NO:4的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:4至少95％一致 的氨基酸序列；以及(c)在与SEQ  ID  NO:4至少95％一致的氨基酸序列的全长中占至少90％ 的片段。在一些实施例中，所述蛋白质包含SEQ  ID  NO:2中所示的氨基酸序列。 另外提供了MUC16抗原蛋白质，其包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：(a)SEQ  ID  NO:6的氨基酸19-710；(b)在包含SEQ  ID  NO:6的氨基酸19-710的蛋白质的全长中占至 少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:6的氨基酸19-710至少95％一致的氨基酸序列；以及(d)在 与SEQ  ID  NO:6的氨基酸19-710至少95％一致的氨基酸序列的全长中占至少90％的片段。 另外提供MUC16抗原蛋白质，其包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：(a)SEQ  ID  NO:6；(b)在SEQ  ID  NO:6的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:6至少95％一致 的氨基酸序列；以及(c)在与SEQ  ID  NO:6至少95％一致的氨基酸序列的全长中占至少90％ 的片段。在一些实施例中，所述蛋白质包含SEQ  ID  NO:6中所示的氨基酸序列。 另外提供了MUC16抗原蛋白质，其包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：(a)SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-642和650-1341；(b)在包含SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-642和650-1341 的蛋白质的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-642和650-1341至少 95％一致的氨基酸序列；以及(d)在与SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-642和650-1341至少95％一 致的氨基酸序列的全长中占至少90％的片段。 13 CN 111741772 A 说　明　书 7/65 页 另外提供了MUC16抗原蛋白质，其包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：(a)SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-1341；(b)在包含SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-1341的蛋白质的全长中占 至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-1341至少95％一致的氨基酸序列；以及 (d)在与SEQ  ID  NO:8的氨基酸19-1341至少95％一致的氨基酸序列的全长中占至少90％的 片段。 另外提供MUC16抗原蛋白质，其包含选自由以下组成的组的氨基酸序列：(a)SEQ  ID  NO:8；(b)在SEQ  ID  NO:8的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:8至少95％一致 的氨基酸序列；以及(c)在与SEQ  ID  NO:8至少95％一致的氨基酸序列的全长中占至少90％ 的片段。在一些实施例中，所述蛋白质包含SEQ  ID  NO:8中所示的氨基酸序列。 还提供了包含MUC16抗原的疫苗，其中所述抗原包含SEQ  ID  NO:2中所示的氨基酸 序列。在一些实施例中，所述抗原由SEQ  ID  NO:1编码。 还提供了包含MUC16抗原的疫苗，其中所述抗原包含SEQ  ID  NO:4中所示的氨基酸 序列。在一些实施例中，所述抗原由SEQ  ID  NO:3编码。 还提供了包含MUC16抗原的疫苗，其中所述抗原包含SEQ  ID  NO:6中所示的氨基酸 序列。在一些实施例中，所述抗原由SEQ  ID  NO:5编码。 还提供了包含MUC16抗原的疫苗，其中所述抗原包含SEQ  ID  NO:8中所示的氨基酸 序列。在一些实施例中，所述抗原由SEQ  ID  NO:7编码。 另外提供包含核酸分子的疫苗，其中所述核酸分子包含相对于SEQ  ID  NO:1中所 示的核酸序列的全长具有至少约95％一致性的核酸序列。本文另外公开了包含核酸分子的 疫苗，其中所述核酸分子编码MUC16抗原，所述抗原包含的氨基酸序列相对于SEQ  ID  NO:2 中所示的氨基酸序列的全长具有至少约95％一致性。 另外提供包含核酸分子的疫苗，其中所述核酸分子包含相对于SEQ  ID  NO:3中所 示的核酸序列的全长具有至少约95％一致性的核酸序列。本文另外公开了包含核酸分子的 疫苗，其中所述核酸分子编码MUC16抗原，所述抗原包含的氨基酸序列相对于SEQ  ID  NO:4 中所示的氨基酸序列的全长具有至少约95％一致性。 另外提供包含核酸分子的疫苗，其中所述核酸分子包含相对于SEQ  ID  NO:5中所 示的核酸序列的全长具有至少约95％一致性的核酸序列。本文另外公开了包含核酸分子的 疫苗，其中所述核酸分子编码MUC16抗原，所述抗原包含的氨基酸序列相对于SEQ  ID  NO:6 中所示的氨基酸序列的全长具有至少约95％一致性。 另外提供包含核酸分子的疫苗，其中所述核酸分子包含相对于SEQ  ID  NO:7中所 示的核酸序列的全长具有至少约95％一致性的核酸序列。本文另外公开了包含核酸分子的 疫苗，其中所述核酸分子编码MUC16抗原，所述抗原包含的氨基酸序列相对于SEQ  ID  NO:8 中所示的氨基酸序列的全长具有至少约95％一致性。 在一些实施例中，核酸分子可以包含表达载体。疫苗可以进一步包含药学上可接 受的赋形剂。在一些实施例中，疫苗可以进一步包含佐剂。在某些实施例中，佐剂是IL-12、 IL-15、IL-28或RANTES。 本文还提供了包含MUC16抗原的疫苗，其中所述抗原包含SEQ  ID  NO:2中所示的氨 基酸序列。在一些实施例中，所述抗原由SEQ  ID  NO:1编码。 另外提供包含肽的疫苗，其中所述肽包含的氨基酸序列相对于SEQ  ID  NO:2中所 14 CN 111741772 A 说　明　书 8/65 页 示氨基酸序列的全长具有至少约90％一致性。 本文还提供了包含MUC16抗原的疫苗，其中所述抗原包含SEQ  ID  NO:4中所示的氨 基酸序列。在一些实施例中，所述抗原由SEQ  ID  NO:3编码。 另外提供包含肽的疫苗，其中所述肽包含的氨基酸序列相对于SEQ  ID  NO:4中所 示氨基酸序列的全长具有至少约90％一致性。 本文还提供了包含MUC16抗原的疫苗，其中所述抗原包含SEQ  ID  NO:6中所示的氨 基酸序列。在一些实施例中，所述抗原由SEQ  ID  NO:5编码。 另外提供包含肽的疫苗，其中所述肽包含的氨基酸序列相对于SEQ  ID  NO:6中所 示氨基酸序列的全长具有至少约90％一致性。 本文还提供了包含MUC16抗原的疫苗，其中所述抗原包含SEQ  ID  NO:8中所示的氨 基酸序列。在一些实施例中，所述抗原由SEQ  ID  NO:7编码。 另外提供包含肽的疫苗，其中所述肽包含的氨基酸序列相对于SEQ  ID  NO:8中所 示氨基酸序列的全长具有至少约90％一致性。 另外提供了治疗患有表达MUC16的癌细胞的受试者的方法，包含施用治疗有效量 的本文所述疫苗。在一些实施例中，施用包括电穿孔步骤。在其它实施例中，施用发生于受 试者的一个或多个部位。 还提供了向受试者接种针对表达MUC16的癌细胞的疫苗的方法。在一些实施例中， 施用包括电穿孔步骤。在其它实施例中，施用发生于受试者的一个或多个部位。 本文还提供了用作药剂的核酸分子，其包含一种或多种选自由以下组成的组的核 酸序列：(a)编码SEQ  ID  NO:2的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在SEQ  ID  NO:2的全长中占至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:2至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以 及(d)编码片段的核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:2至少95％一致的蛋白质的全长中占 至少90％。 本文还提供了用作药剂的核酸分子，其包含一种或多种选自由以下组成的组的核 酸序列：(a)编码SEQ  ID  NO:4的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在SEQ  ID  NO:4的全长中占至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:4至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以 及(d)编码片段的核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:4至少95％一致的蛋白质的全长中占 至少90％。 本文还提供了用作药剂的核酸分子，其包含一种或多种选自由以下组成的组的核 酸序列：(a)编码SEQ  ID  NO:6的核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在SEQ  ID  NO:6的全长中占至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:6至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以 及(d)编码片段的核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:6至少95％一致的蛋白质的全长中占 至少90％。 本文还提供了用作药剂的核酸分子，其包含一种或多种选自由以下组成的组的核 酸序列：(a)编码SEQ  ID  NO:8核酸序列；(b)编码片段的核酸序列，所述片段在SEQ  ID  NO:8 的全长中占至少90％；(c)编码与SEQ  ID  NO:8至少95％一致的蛋白质的核酸序列；以及(d) 编码片段的核酸序列，所述片段在与SEQ  ID  NO:8至少95％一致的蛋白质的全长中占至少 90％。 在一些实施例中，本文所述的核酸分子用作治疗癌症的药剂。在一些实施例中，本 15 CN 111741772 A 说　明　书 9/65 页 文所述的核酸分子用于制备药剂。在一些实施例中，本文所述的核酸分子用于制备供治疗 癌症用的药剂。 本文还提供了用作药剂的核酸分子，其包含一种或多种选自由以下组成的组的核 酸序列：(a)SEQ  ID  NO:1；(b)在SEQ  ID  NO:1的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:1至少95％一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:1至少95％一致的核酸序列的全长中占 至少90％的片段。 本文还提供了用作药剂的核酸分子，其包含一种或多种选自由以下组成的组的核 酸序列：(a)SEQ  ID  NO:3；(b)在SEQ  ID  NO:3的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:3至少95％一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:3至少95％一致的核酸序列的全长中占 至少90％的片段。 本文还提供了用作药剂的核酸分子，其包含一种或多种选自由以下组成的组的核 酸序列：(a)SEQ  ID  NO:5；(b)在SEQ  ID  NO:5的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:5至少95％一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:5至少95％一致的核酸序列的全长中占 至少90％的片段。 本文还提供了用作药剂的核酸分子，其包含一种或多种选自由以下组成的组的核 酸序列：(a)SEQ  ID  NO:7；(b)在SEQ  ID  NO:7的全长中占至少90％的片段；(c)与SEQ  ID  NO:7至少95％一致的片段；以及(d)在与SEQ  ID  NO:7至少95％一致的核酸序列的全长中占 至少90％的片段。 在一些实施例中，本文所述的核酸分子用作治疗癌症的药剂。在一些实施例中，本 文所述的核酸分子用于制备药剂。在一些实施例中，本文所述的核酸分子用于制备供治疗 癌症用的药剂。 附图说明 图1说明人原生MUC16结构。MUC16疫苗构建体所靶向的区域被指出。 图2描绘了人原生MUC16中心串联重复的谱系学分析。 图3说明衍生出各MUC16重复微共同序列(RMC)的个别原生MUC16重复序列以及其 彼此间的序列一致性百分比(基因库：AAL65133.2)。 图4显示了MUC16羧基端域的氨基酸序列。加有下划线的区域(NFSPLARRVDR)是潜 在的裂解位点，粗体加下划线的区域是跨膜域，并且细胞质尾区用双下划线指示。跨膜域上 游未说明的序列是细胞外胞外域。方框表示潜在的S/T/Y磷酸化位点。N-糖基化位点和O-糖 基化位点分别用X和O指示。 图5说明经修饰的共同MUC16胞外域和跨膜域与人原生MUC16胞外域和跨膜域的比 对。共同变化加有灰色阴影。 图6A-6B说明了用于组装RMC、原生重复序列以及合成共同MUC16胞外域和跨膜域 以减小脱靶抗原决定基的可能性的策略。图6A显示了如何通过合并中心串联重复和羧基端 域设计策略来产生初步合成的MUC16免疫原。然而，当将RMC4-R61接合点(RMC4的最后11个 氨基酸和原生R61的前11个氨基酸)与所有原生MUC16重复接合点(相邻原生重复序列的最 后11个氨基酸和起始11个氨基酸)对准时，最高序列一致性仅仅是76.2％，表明这个接合点 可能引入了非所需的抗原决定基。图6B显示了用于避免RMC4-R61接合点的一种策略是将原 16 CN 111741772 A 说　明　书 10/65 页 生R59添加于RMC4与R61之间。 图7是由质粒pGX1435、pGX1436、pGX1437、pGX1438和pGX1439编码的四种合成共同 MUC16免疫原的示意图。 图8A-8C描绘了人原生和合成共同MUC16  IRC中心串联重复域的尺寸评估和比较 性建模。图8A是原生MUC16(基于基因库AAL65133.2)和合成共同MUC16  IRC的示意图。图8B 显示了比较性建模以说明原生MUC16(左)与合成共同MUC16  IRC设计(右)之间的尺寸差异。 图8C是以cpk格式所示的合成共同MUC16  IRC重复区域的比较模型。重复微共同序列RMC1到 RMC4以浅灰色指示，所设计的弗林蛋白酶(furin)裂解位点和原生重复序列R61到R63为深 灰色。 图9是经修饰的pVAX1主链(pGX0001)的图形表示。 图10是pGX0003主链的图形表示。 图11是质粒pGX1435和合成共同MUC16  IRC R59的图形表示。 图12是质粒pGX1436和合成共同MUC16  RMC的图形表示。 图13是质粒pGX1437和合成共同MUC16  NRC的图形表示。 图14是质粒pGX1438和合成共同MUC16  RMC和合成共同MUC16  NRC的图形表示。 图15是质粒pGX1439和合成共同MUC16  IRC的图形表示。 图16通过免疫印迹法说明合成共同MUC16构建体的表达。 图17是与本公开的实施例中所用的合成共同MUC16抗原蛋白质对应的肽中所含的 肽池的图形表示。 图18A-18D说明了雌性CB6F1隔3周免疫接种指定剂量的合成共同MUC16(pGX1435 (图18A)、pGX1438(图18B)和pGX1439(图18C)，n＝8/组)或pGX0001(空白载体，n＝8)3次的 IFNγ响应(根据ELISpot)。还指出了对pGX1435所诱导的独特R59(肽池6)抗原决定基的可 检测的响应(图18D)。 图19A-19D说明了雌性CB6F1隔3周免疫接种指定剂量的合成共同MUC16(pGX1436 (图19A)和pGX1437(图19C)，n＝8/组)或pGX0001(空白载体，n＝8)3次的结果。在指定剂量 的pGX1436和pGX1437的情况下，合成共同MUC16特异性IFNγ响应(根据ELISpot)，以及对全 长构建体的免疫响应的比较(图19B和图19D)。 图20说明了本公开的实施例中所用的流式细胞术设门策略。 图21A-21C说明了合成共同MUC16全长构建体pGX1435(图21A)、pGX1438(图21B)和 pGX1439(图21C)所诱导的CD4 T细胞的相对频率。 图22A-22C说明了合成共同MUC16特异性CD4 T细胞的溶胞潜力以及pGX1435(图 22A)、pGX1438(图22B)和pGX1439(图22C)所诱导的细胞因子谱。 图23A-23C说明了pGX1435(图23A)、pGX1438(图23B)和pGX1439(图23C)在CD8 T细 胞代谢区中所诱导的细胞免疫响应。 图24A-24C说明了pGX1435(图24A)、pGX1438(图24B)和pGX1439(图24C)在CD8 T细 胞代谢区中所诱导的溶胞免疫响应和细胞因子谱。 图25A-25B说明了pGX1436在CD4 T细胞代谢区中所诱导的细胞免疫响应(图25A) 以及部分长度的构建体pGX1436的溶胞免疫响应和特异性CD4 T细胞响应谱(图25B)。 图26A-26B说明了pGX1437在CD4 T细胞代谢区中诱导的细胞免疫响应(图26A)以 17 CN 111741772 A 说　明　书 11/65 页 及部分长度的构建体pGX1437的溶胞免疫响应和特异性CD4 T细胞响应谱(图26B)。 图27A-27B说明了pGX1436在CD8 T细胞代谢区中诱导的细胞免疫响应(图27A)以 及部分长度构建体的溶胞免疫响应和特异性CD8 T细胞响应谱(图27B)。 图28A-28B说明了pGX1437在CD8 T细胞代谢区中诱导的细胞免疫响应(图28A)以 及部分长度构建体的溶胞免疫响应和特异性CD8 T细胞响应谱(图28B)。 图29A-29B说明了pGX1436(图29A)和pGX1437(图29B)在CD4 和CD8 T细胞代谢区中 诱导的细胞免疫响应与全长构建体的比较情况以及特异性CD4 和CD8 T细胞响应的细胞因 子谱。 图30A-30C提供了本文所公开的全长构建体的IFNγ(图30A)、CD4 (图30B)和CD8 T (图30C)细胞数据的概述。