技术摘要：
本发明提供了一套与水稻耐淹特性紧密连锁的分子标记及其应用和评估水稻耐淹特性的方法，属于植物分子遗传技术领域，包括：分子标记位于水稻第1号染色体上第24100081bp位点、第4号染色体上第17830770bp位点、第5号染色体上第27087016bp位点、第8号染色体上第11254907bp  全部
背景技术：
水稻品种大部分在淹没一周后会死亡，在南亚和东南亚地区，每年因洪涝灾害的 损失就达10亿美元以上。因而，提高水稻品种的耐淹性一直是世界水稻研究领域的热点之 一。 在我国，仅2014年受洪涝灾害影响的耕地面积有5919khm2，成灾面积  2830khm2，直 接经济损失达245亿元。尤其在南方稻区，洪涝频繁发生，危害水稻生长、存活，低洼稻田减 产严重。同时，目前农村劳力大量流失，人力资源不足，直播稻适应了当前形势，正大面积推 广。机械化的大田平整度达不到秧田的标准，种子萌发期的耐淹重要性突显出来，日益受到 重视，改良水稻耐淹涝能力已成为水稻育种的重要目标。因此，发掘、克隆具有自主知识产 权的新耐淹基因，在加快水稻耐淹品种的培育，保障粮食产量及减少水稻受灾损失等领域 具有重大的理论和现实意义。
技术实现要素：
有鉴于此，本发明的目的在于提供一套与水稻耐淹特性紧密连锁的分子标记及其 应用和评估水稻耐淹特性的方法，采用本发明提供的分子标记能够辅助筛选耐淹水稻品 种。 为了实现上述发明目的，本发明提供了以下技术方案： 本发明提供了一套与水稻耐淹特性紧密连锁的分子标记，包括： 所述分子标记位于水稻第1号染色体上第24100081bp位点，所述位点上存在T/G碱 基突变，携带T的水稻的耐淹特性高于携带G的水稻； 所述分子标记位于水稻第4号染色体上第17830770bp位点，所述位点上存在G/A碱 基突变，携带G的水稻的耐淹特性高于携带A的水稻； 所述分子标记位于水稻第5号染色体上第27087016bp位点，所述位点上存在T/A碱 基突变，携带T的水稻的耐淹特性高于携带A的水稻； 所述分子标记位于水稻第8号染色体上第11254907bp位点，所述位点上存在G/T碱 基突变，携带G的水稻的耐淹特性高于携带T的水稻； 所述分子标记位于水稻第11号染色体上第1862072bp位点，所述位点上存在A/T碱 基突变，携带A的水稻的耐淹特性高于携带T的水稻； 所述分子标记位于水稻第11号染色体上第20910780bp位点，所述位点上存在A/C 碱基突变，携带A的水稻的耐淹特性高于携带C的水稻。 优选的，所述水稻第1号染色体上第24100081bp位点的碱基突变，携带T的水稻在 3 CN 111549167 A 说　明　书 2/6 页 水淹下，水稻的苗长长于携带G的水稻。 优选的，所述水稻第4号染色体上第17830770bp位点的碱基突变，携带G的水稻在 水淹下，水稻种子的萌动时间早于携带A的水稻。 优选的，所述水稻第5号染色体上第27087016bp位点的碱基突变，携带T的水稻在 水淹下，水稻种子的萌动时间早于携带A的水稻。 优选的，所述水稻第8号染色体上第11254907bp位点的碱基突变，携带G的水稻在 水淹下，水稻种子的萌动时间早于携带T的水稻。 优选的，所述水稻第11号染色体上第1862072bp位点的碱基突变，携带A的水稻在 水淹下，水稻的苗长长于携带T的水稻。 优选的，所述水稻第11号染色体上第20910780bp位点的碱基突变，携带A的水稻在 水淹下，水稻的苗长长于携带C的水稻。 优选的，所述分子标记的信息基于的日本晴基因组序列信息版本号为  Rice  Genome  Annotation  Project-MSU  Rice  Genome  Annotation(Osa1)  Release  7。 本发明还提供了上述技术方案所述的分子标记在筛选耐淹水稻中的应用。 本发明还提供了一种评估水稻耐淹特性的方法，将水稻的种子浸没于清澈的水中 26d以上后，当水保持清澈、水稻苗的叶片为绿色时，所述水稻具有耐淹特性。 本发明提供了一套与水稻耐淹特性紧密连锁的分子标记，包括：所述分子标记位 于水稻第1号染色体上第24100081bp位点，所述位点上存在T/G  碱基突变，携带T的水稻的 耐淹特性高于携带G的水稻；所述分子标记位于水稻第4号染色体上第17830770bp位点，所 述位点上存在G/A碱基突变，携带G的水稻的耐淹特性高于携带A的水稻；所述分子标记位于 水稻第5  号染色体上第27087016bp位点，所述位点上存在T/A碱基突变，携带T的水稻的耐 淹特性高于携带A的水稻；所述分子标记位于水稻第8号染色体上第11254907bp位点，所述 位点上存在G/T碱基突变，携带G的水稻的耐淹特性高于携带T的水稻；所述分子标记位于水 稻第11号染色体上第  1862072bp位点，所述位点上存在A/T碱基突变，携带A的水稻的耐淹 特性高于携带T的水稻；所述分子标记位于水稻第11号染色体上第20910780bp  位点，所述 位点上存在A/C碱基突变，携带A的水稻的耐淹特性高于携带C 的水稻。 采用本发明提供的分子标记能够辅助筛选耐淹水稻品种。 附图说明 图1为一组“东乡野生稻/1504”BC1F8群体耐淹处理后的表型对比示意图，P1代表亲 本东乡野生稻，P2代表亲本1504；左边两份为耐淹材料的表型，右边两份为不耐淹材料的表 型； 图2为一组“东乡野生稻/1504”BC1F8群体耐淹处理后的表型对比示意图，P1代表亲 本东乡野生稻，P2代表亲本1504；中间两份为中间型材料的表型； 图3为一组“东乡野生稻/1504”BC1F8群体耐淹处理后的萌动表型的柱形图； 图4为一组“东乡野生稻/1504”BC1F8群体耐淹处理后的苗长表型的柱形图； 图5为一套以“东乡野生稻/1504”BC1F8群体耐淹处理条件下胚芽鞘萌动时间为表 型鉴定了东乡野生稻耐淹特性关联位点，三个显著的峰代表三个与耐淹特性显著关联的 QTLs； 4 CN 111549167 A 说　明　书 3/6 页 图6为一套以“东乡野生稻/1504”BC1F8群体耐淹处理条件下苗长为表型鉴定了东 乡野生稻耐淹特性关联位点，三个显著的峰代表三个与耐淹特性显著关联的QTLs； 图7为一组利用第1染色体24100081bp处碱基(T/G)为分子标记，鉴定水稻耐淹特 性表型统计分析柱形图； 图8为一组利用第4染色体17831770bp处碱基(G/A)为分子标记，鉴定水稻耐淹特 性表型统计分析柱形图； 图9为一组利用第5染色体27087016bp处碱基(T/A)为分子标记，鉴定水稻耐淹特 性表型统计分析柱形图； 图10为一组利用第8染色体11254907bp处碱基(G/T)为分子标记，鉴定水稻耐淹特 性表型统计分析柱形图； 图11为一组利用第11染色体1862072bp处碱基(A/T)为分子标记，鉴定水稻耐淹特 性表型统计分析柱形图； 图12为一组利用第11染色体20910780bp处碱基(A/C)为分子标记，鉴定水稻耐淹 特性表型统计分析柱形图； 图13为”东乡野生稻/1504”重组自交系群体构建过程。