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白梭吻鲈家系鉴定用引物及白梭吻鲈家系鉴定方法


技术摘要:
本发明公开了白梭吻鲈家系鉴定用引物及白梭吻鲈家系鉴定方法,包括34个引物组,每个引物组包括两条正向引物以及一条反向引物。有助于快速、准确鉴别不同家系的白梭吻鲈,并结合子代的生长指标和亲本电子标记信息,实现亲本的遗传选育操作,本发明对于白梭吻鲈的遗传选  全部
背景技术:
白梭吻鲈(Sander  lucioperca)属于鲈形目(Perciformes)、鲈科(Percidae)、梭 吻鲈属(Sander),是一种新兴的淡水经济鱼类。原分布于欧洲的黑海、里海以及波罗的海等 水系,目前在北美及亚洲地区也有分布,在我国仅分布于新疆伊犁河水系和额尔齐斯河水 系。由于具有病害少、生长快、肉质细嫩、肌间刺少、蛋白质以及五种致鲜氨基酸含量高等优 点,已成为极具养殖潜力的经济鱼类之一。近年来该鱼已在山东、北京、江苏、广东等地进行 了养殖。为了促进白梭吻鲈养殖业的持续发展,进行白梭吻鲈良种选育工作已显得十分必 要。 随着白梭吻鲈养殖规模的不断扩大,部分养殖区发现其生长速度下降严重,可能 是近亲繁殖导致其生长性状退化,因此迫切需要开展白梭吻鲈育种研究,选育出优良品系, 以适应白梭吻鲈养殖业的发展需要。家系选择育种是保持优良经济性状以及获得优良品种 和品系的重要手段,已在动植物中广泛应用;而完整、准确的系谱信息能够避免近交、保持 物种的遗传多样性,对促进白梭吻鲈的遗传改良工作有重要的现实意义。
技术实现要素:
本发明解决的问题是提供了一种适用于白梭吻鲈家系鉴定的方法与引物,有助于 快速、准确鉴别不同家系的白梭吻鲈,并结合子代的生长指标和亲本电子标记信息,实现亲 本的遗传选育操作,本发明对于白梭吻鲈的遗传选育具有重要的应用价值。 本发明采用如下技术方案: 白梭吻鲈家系鉴定用引物,包括34个引物组,每个引物组包括两条正向引物以及一条 反向引物;所述34个引物组具体如下: 34个引物组序列信息 位点locus Primer_AlleleFAM Primer_AlleleHEX Primer_Common Marker36755 CACCAGGTATAATATGATTGAAATGTGAT CACCAGGTATAATATGATTGAAATGTGAC TGTATTCCTTCTTCATGCAAGCCACTTT Marker161054 ATTTAAAACGACCGTTATTCAACTCTTTC CATATTTAAAACGACCGTTATTCAACTCTTTT GCCTTTCTACAGGGCCCAGAATTTT Marker36461 GCAGCAATTAACCAGCTTTTAACATA GCAGCAATTAACCAGCTTTTAACATG GAGAGGATCAGACTTGTAACAACCATTAA Marker104940 TGTGTGACTTCCCGTTGTGTTCT GTGTGACTTCCCGTTGTGTTCC GCTCTGAACTGGCCGTGGAGTT Marker4315 CATCAAGAGTGGAAAAGGAGAATAGA CATCAAGAGTGGAAAAGGAGAATAGG GTTCCCTTGGTCTCGGTTTAAATTAGATT Marker35696 CGTTAATTACATTAAACGTCTCCAAGATTA CGTTAATTACATTAAACGTCTCCAAGATTT GGGTGTGTGGTGAAACAGAAGCTTT Marker75079 GCCAGGAATAGAACATATTTCTCATAAATAA CCAGGAATAGAACATATTTCTCATAAATAG GTCACTGTCCTCTATGATAAAACCTCAAT Marker48555 TCCATAGATGTAAATATGTAACATATAATGAC CCATAGATGTAAATATGTAACATATAATGAT CAAACTGCATGGGAACAATGCAAAATGAT Marker62060 CGTGGTAATAAAAAGGCAGGCCG CGTGGTAATAAAAAGGCAGGCCA GAACACCCTGCTGTGTGCGCAA Marker20169 CATTTCCGTTTTATTTATCTCACCCCTT TCCGTTTTATTTATCTCACCCCTC GGAAAGTGATTCAAAATCATTAGAACGTCA Marker70573 GGGAGCTGTGTATGAGGCCG GGGAGCTGTGTATGAGGCCA TTCAACCACAGAGTCCACTCTTATTTCTT Marker13787 AGATCCAAAACATCAGTCAATTACATTATC AAAGATCCAAAACATCAGTCAATTACATTATT CAGCAGCGAACAGGAACAGAGGAA Marker71805 CAGCCCAATAACACCAGGCCAT AGCCCAATAACACCAGGCCAC GACAAATCAGTTTTAGATTTGCCACAAGTT Marker93880 AGACTACAGCCTCCTACACCCA GACTACAGCCTCCTACACCCG GTTCGTCCAATCAGGTGCAGCCAT 4 CN 111593129 A 说 明 书 2/7 页 Gene7126-2 AGCCGCTGCCATGGGTCCA GCCGCTGCCATGGGTCCG GGWGCAAGGAGTGTGTACTCTGTTT Gene 7255 GCCGTAATGCATGTGACTTGAAATTT GCCGTAATGCATGTGACTTGAAATTG CTGCCATCATGTATATGAGATATGAGTCTA SNP_113351 AGATATATTCCACAGATTTAATCCTTCTG CAGATATATTCCACAGATTTAATCCTTCTA CTGACTAGAGATGGTGTATTCATTTAACTT SNP_14483 CACCTCAATAACCACCATATAAAAAAGTTA ACCTCAATAACCACCATATAAAAAAGTTC TCATTGTGAATGGTGCCTGTTATCGTTT SNP_14480 GTCCTAGAAAATATTTAGATCCCCCG GTCCTAGAAAATATTTAGATCCCCCA GTAATGAGACCCCACTCCCTCAAAA SNP_8555 CAGGATGCACATCCACGGAATTG CAGGATGCACATCCACGGAATTA CTATGCGATTGGTTTTGTTGAATCAGTGTA SNP_23093_1 CTACTCCTGTTCCAACCTGGAT CTACTCCTGTTCCAACCTGGAC AAGGCCCAGTCTGCATACTTCCATA SNP_23093_2 CCAGTGCTCGCAAGCCATTTCT CAGTGCTCGCAAGCCATTTCC GTATGAGGGAGCTCAATAGGAATTTCTTT GHR ATGCCTGTGGGGTACATC CTGCTATGCCTGTGGGGTACATA GGTGAGAGGTTCCCCAGCAGTT IGF1R CAGTCTAAAATGGTTACAATTAGGCAAC CAGTCTAAAATGGTTACAATTAGGCAAG TATGGTTTATCTGCATTTATTCCAGGCTTT IGF1_1 GAGCGCATGGCGCACAGAAG AAGAGCGCATGGCGCACAGAAA CACTGCTCGGATGAATGGGTTTTCAT IGF2 CGGGTGAATGACGACGTGCA CGGGTGAATGACGACGTGCT GGGCGGTCACTCACCTAATATACAT M1134 GTTGGAGTTGAGAGACAACATCTTTA GTTGGAGTTGAGAGACAACATCTTTC TGTAGTCCGTTTGTAACCTGAGTAGTATT M35446 TTTAAACAATGTTCCACTCAACTGCG ATTTTAAACAATGTTCCACTCAACTGCA GCTGCGCAATGAAAAGCAATCAATCTAAA M41746 GTGGGCCTGGGCCAAGCG GTGGGCCTGGGCCAAGCT ATGATGACTGTCTTGACAGATTTGGACTT M45510 CCTTGATCGGATTCAACAGACGC CCTTGATCGGATTCAACAGACGT GCTTCCCATCATCCAGGCCCAT M56328 GATCTGCAAACGACCAAAGT GCTGATCTGCAAACGACCAAAGC GAGCTAAGGCTGCAGCGTTTTCATA M79524 TAATTATGACTCAACAGATCGGTGGA AATTATGACTCAACAGATCGGTGGG CACGGGCTGTAAACCATCGGAAATT M83612 TTTCTATAAGGCTTCTTGTTCCACTC TTTCTATAAGGCTTCTTGTTCCACTT TAACTGATAAATCCCGGCTTAATCCCTTA M98079 GTTTCTATCACTTTTCTGCCATGCTT GTTTCTATCACTTTTCTGCCATGCTA CATTGGTATTTTAGTGCCCTGGGCAT 本发明进一步公开了所述白梭吻鲈家系鉴定用引物在白梭吻鲈家系鉴定或者白梭吻 鲈家系筛选中的应用。 利用所述白梭吻鲈家系鉴定用引物鉴定白梭吻鲈家系的方法,包括以下步骤: (1)对每尾白梭吻鲈成鱼亲本植入电子标记;按雌雄数量比1∶1对植入电子标记的白梭 吻鲈成鱼亲本进行配对,得到雌雄亲本对;然后每对雌雄亲本对经人工催产后产卵,待仔鱼 平游后得到每对雌雄亲本对所对应的鱼苗,即获得一个家系; (2)采集每尾白梭吻鲈成鱼亲本的DNA;分别以每尾亲本的DNA为模板,利用所述白梭吻 鲈家系鉴定用引物进行PCR反应,然后对PCR产物进行凝胶电泳,根据荧光值得到每尾亲本 对应的基因分型; (3)取每个家系等量的鱼苗,混合后于一个培育池塘中进行培育;然后采集培育的每尾 子代的DNA、表型数据;分别以每尾子代的DNA为模板,利用所述白梭吻鲈家系鉴定用引物进 行PCR反应,然后对PCR产物进行凝胶电泳,根据荧光值得到每尾子代对应的基因分型; (4)比较每尾亲本对应的基因分型与每尾子代对应的基因分型,确定子代所属家系,完 成白梭吻鲈家系的鉴定。 利用所述白梭吻鲈家系鉴定用引物筛选白梭吻鲈家系的方法,包括以下步骤: (1)对每尾白梭吻鲈亲本植入电子标记;按雌雄数量比1∶1对植入电子标记的白梭吻鲈 亲本进行配对;然后每对雌雄亲本对经人工催产后产卵,待仔鱼平游得到每对雌雄亲本对 对应的鱼苗,即获得1个家系; (2)取每个家系等量的鱼苗,混合后于一个培育池塘中进行培育;然后采集培育的每尾 子代的DNA、表型数据;分别以每尾子代的DNA为模板,利用所述白梭吻鲈家系鉴定用引物进 行PCR反应,然后对PCR产物进行凝胶电泳,根据荧光值得到每尾子代对应的基因分型; (3)采集每尾亲本的DNA;分别以每尾亲本的DNA为模板,利用所述白梭吻鲈家系鉴定用 引物进行PCR反应,然后对PCR产物进行凝胶电泳,根据荧光值得到每尾亲本对应的基因分 型;比较每尾亲本对应的基因分型与每尾子代对应的基因分型,确定家系,完成白梭吻鲈家 系的鉴定;根据各家系子代的表型数据,确定生长快速的家系,结合亲本的电子标记信息, 5 CN 111593129 A 说 明 书 3/7 页 筛选出生长快速家系的亲本,所筛选到的生长快速家系亲本将用于下一年度的人工繁殖。 上述技术方案中,采集鳍条边缘用于提取每尾亲本的DNA;植入电子标记、采集每 尾亲本(子代)的DNA的具体方法为现有常规技术。 上述技术方案中,每对雌雄亲本对经人工催产后分别置于不同网箱中产卵。 上述技术方案中,7个月后采集培育的每尾子代的DNA、表型数据;表型数据包括全 长、体长、体重。 上述技术方案中,利用所述白梭吻鲈家系鉴定用引物进行PCR反应,然后对PCR产 物进行凝胶电泳,根据荧光值得到每尾亲本对应的基因分型;具体过程都为常规技术。 上述技术方案中,比较每尾亲本对应的基因分型与每尾子代对应的基因分型,确 定家系;具体过程为常规比较方法,可通过人工比较,也可通过计算机程序比较。 上述技术方案中,根据各家系子代的生长指标,筛选出生长快速的家系,完成白梭 吻鲈家系的筛选,结合电子标记,从亲本群体中筛选出快速生长家系的亲本;具体过程为常 规筛选方法。 本发明中,白梭吻鲈家系鉴定用引物符合单核苷酸多态性即DNA序列上的单个碱 基变异,作为分子遗传标记优于微卫星标记,具有基因组分布广、易于检测、高遗传稳定性 等优点,在家系鉴定中有明显的优势。 本发明公开的上述方法可以参考如下步骤: 1)选择白梭吻鲈外形正常、健康的成鱼作为亲本,对亲本群体中的所有个体进行电子 标记,并采集鳍条边缘,用于提取DNA; 2)对亲本进行雌雄甄别和配对,1尾雌鱼配1尾雄鱼,每对亲本经人工催产后分别置于 不同网箱中产卵,根据电子标记记录亲本配对情况;待仔鱼平游后取各个亲本对等量的鱼 苗混合,然后放于同一培育池塘中进行培育,7个月后对子代进行生长指标测量(全长、体长 和体重),并采集各个个体DNA样本; 3)将亲本及其子代的DNA,利用34个引物组(两条正向特异性引物和一条反向通用引 物)分别进行竞争性等位基因特异性PCR,两条正向引物对应两种荧光信号,经过PCR反应, 最终检测两种荧光的荧光值大小来判断样本分型情况; 4)根据亲本分型情况对候选子代进行甄别,符合亲本基因型的单个碱基变异位点数最 多的子代则判为该家系子代,完成白梭吻鲈家系的鉴定; 5)根据甄别到各家系中的子代的生长指标进行生长快速家系的筛选,淘汰生长慢速家 系,结合亲本电子标记信息,筛选出生长快速家系的亲本,所筛选到的生长快速家系亲本将 用于下一年度的人工繁殖。 本发明公开的PCR反应可在广泛的基因组DNA样品中(甚至是一些复杂基因组的 DNA样品),对单个碱基变异和特定位点上的InDels进行精准的双等位基因判断,具有高通 量、低成本、灵活快速的特点。本发明利用单核苷酸多态性分型技术建立白梭吻鲈家系鉴定 方案,确定个体间亲缘关系,为白梭吻鲈进一步遗传选育工作奠定坚实的基础。 与现有技术相比,本发明的白梭吻鲈家系鉴定方法具有如下有益效果:应用本技 术可将白梭吻鲈混养群体按不同家系区分开来,有助于白梭吻鲈保种、繁殖配组和选育,减 少养殖环境因素对遗传选育操作的影响。在选育子代培育过程中可以将大量的家系放养在 同一个池内进行养殖,避免了每个家系都需要一个独立养殖单元所造成的池塘浪费情况, 6 CN 111593129 A 说 明 书 4/7 页 大大降低了人工管理与操作的强度;同时,因为同池饲养各个家系的养殖环境完全保持一 致,显著降低了外界环境条件对于性状表型值造成的差异,这将有利于后续家系和个体经 济性状的遗传分析与准确评定。 附图说明 图1为M35696分型结果。
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